其他设施
楼梯
电梯
扶梯
卫生间
多功能卫生间
哺乳室
问讯处
门票售票机
餐馆
博物馆商店
休息场地
吸烟点
投币式存物柜
散步道
连接入口大厅与本馆全长约100m的通道是以车站站台为意境的室外空间。在自然的光线和风通畅的空间，编组实物车辆展出。
本馆1F
本馆1F采用挑高中庭结构，空间宽敞。通过凝聚实物车辆、创意的体验型展出等，清晰易懂地介绍从黎明期到现代的铁路历史、铁路的构造和特点、车辆的魅力。
本馆2F
本馆2F是可俯视本馆1F的展示车辆的挑高中庭结构。除了体验型展出外，还配备有餐馆、休息室等，是能够长时间悠闲欣赏的楼层结构。
本馆3F
在本馆3F的南侧，花草、绿色遍地，设置有明亮宽敞的室外展望平台“天空露台”。这里是铁路景点，一眼望去，可看见在JR京都线、东海道新干线等众多驰骋的车辆。
TWILIGHT广场
第二代京都站具有历史价值，其站台罩棚具备代表大正时代的桁架结构。在再利用其桁架结构打造的空间，展出Twilight Express等珍贵的车辆。
旧二条站站舍
建于1904年，据说是在用站舍中日本最古老的木造站舍。该站舍1996年被指定为京都市指定有形文化财产，这里面除了举办展出外，还设置了博物馆商店。
扇形车库
国家指定的重要文化财产——扇形车库，以及蒸汽机车一边动态转动，一边改变方向的转车台。在这里，展出曾经在明治到昭和期间使用的代表性的蒸汽机车。
SL站台
“蒸汽机车 Steam号”是一项受人欢迎的体验展出活动，参观者可乘坐真正的蒸汽机车牵引的客车。每天不断地运行蒸汽机车是日本罕见的创举。（收费）
SL第2检修库
在毗邻本馆的梅小路运行区内新设专用检修库，专门检查和修缮蒸汽机车。可从架廊参观蒸汽机车检修的作业场景。
- [*1]依作业内容而定，可能无法参观。